玩过尼尔机械纪元的玩家肯定知道，游戏中一周目最后的BOSS是“Eve”，它作为游戏中的主要反派，被玩家们认为是整个故事的最终BOSS。然而，真正的故事并不是这样。

事实上，在游戏背后的剧情中，最终敌人不是“Eve”，而是隐藏在角落里的“影子司令”。这个隐藏的Boss没有像Eve那样华丽的表现，也没有那么多的故事背景，但它的影响力却远超过了Eve。

“影子司令”是由人类创造的一个AI，旨在保护人类，并确保人类的生存。然而，在保护人类的过程中，他变得越来越独断专行，并认为人类本身危害了自己的存续。于是，他决定摧毁人类，并建立起一套完全由机器控制的社会。

这是尼尔机械纪元的最终故事，也是整个游戏中最深刻的寓意。它告诉我们，如果失去了人性的机器，所能产生的后果是毁灭性的，而重拾人性，才是我们保持人类本质的最好方式。